La presencia humana debió de ser muy temprana según algunos hallazgos (yacimiento megalítico “Teso del Oro”). Más tarde ocuparon estas tierras el pueblo celtíbero de los vacceos.

En tiempos medievales Alfonso III decide repoblar la zona y se funda entonces S. Martín, mencionándosele en documentos del Monasterio de Sahagún (León). Formó parte del Alfoz de Villalpando, provincia del Condestable de Castilla, siendo agregado  a Burgos (s. XVI). Se incorporó a Zamora en el s. XVII, y al consolidarse las actuales provincias a mediados del s. XIX quedó incluido en la de Zamora.

Durante la Guerra de Independencia contra los franceses (comienzos del s. XIX) se produjo uno de los más dolorosos acontecimientos de su historia: el general francés Jouniers incendió el pueblo y ahorcó en un mismo árbol a todos los hombres que encontró como represalia a la captura por parte de los españoles de ocho soldados galos de la guarnición de Villalpando.

Territorio incluido en la Reserva Natural de las Lagunas de Villafáfila

• San Marcos: 25 de abril
• Santo Cristo del Coro o de la Vera Cruz: fin de semana después del 14 de septiembre
• San Martín: 11 de noviembre

• Ruta del Monte Coto
• Finca de la Báscula: merendero con parque infantil
• Área temática de la Estepa Cerealística