Asentamientos desde la Edad de Cobre, donde las comunidades se dedicaban a la agricultura y a la ganadería, así como a la extracción de la sal de las aguas de las Lagunas de Villafáfila, sal que sirvió para establecer relaciones comerciales y de intercambio a larga distancia, lo que posibilitó que sus habitantes fueran acumulando riqueza y se asentaran las bases de la clase dirigente.

Abundantes restos de la época romana.

En el siglo XII los reyes de León, Fernando II  y Alfonso IX  reorganizaron el territorio fronterizo entre Castilla y León y como resultado a  Villafáfila se le asignó un territorio en el que estaba incluido el término de San Agustín.

En el año 1.310 aparece la primera cita documental de San Agustín del Pozo. En el 1.229, los territorios de San Agustín fueron transferidos a la Orden Militar de Santiago, integrándose en la Encomienda de Castrotorafe.
Durante la segunda mitad del siglo XV, San Agustín estuvo ocupada por el Conde de Benavente de manera ilegal. Finalmente los Reyes Católicos en 1497 obligaron al Conde a restituir estos terrenos a su legítimo poseedor, el Comendador de Castrotorafe.

Desde el siglo XIX se independizó de Villafáfila formando un ayuntamiento propio integrado en el partido judicial de Villalpando.

• Iglesia de la Natividad de Ntra. Señora: XII-XIII

Lagunas de Villafáfila

• San Marcos: 25 de abril
• San Isidro: 15 de mayo
• San Agustín: 28 de agosto
• Sra. De la Natividad: 8 de septiembre
• Domingo tortillero: domingo anterior al Domingo de Ramos

• Cocido
• Sopas de Ajo
• Feos
• Bollo coscarón
• Platos de caza