No están acordes los autores acerca de los tiempos en que fue fundado este pueblo. La crónica dice ser hechura de los Romanos, en atención a una alcantarilla romana que atraviesa el pueblo todo y termina en los Hoyares.
Opinan otros que este pueblo data de los tiempos del monarca castellano Fernando I el Grande. Algunos sostienen que el nombre de Villarrín procede de su fundador Ruy de Sodar que acompañó al rey grande en sus excursiones por los campos góticos, de donde Villarrín es lo mismo que Villa de Ruiz. Creemos, sin embargo, que ese nombre se le dio atendiendo a la etimología de Rhin, que en lengua teutona significa pantano, ya que los fundadores del pueblo lo edificaron próximo a las célebres dichas lagunas salitrosas. La primera noticia histórica de la existencia de esta Villa nos la facilita la escritura otorgada en 15 de abril de 1157 por la infanta Dª Elvira hija de Alfonso VII, que donó la tercia de los diezmos al Obispo de Astorga don Fernando I, el cual a su vez se vio precisado en 1182 a pedir al Papa Lucio III que reprimiera en sus pretensiones al Obispo de Zamora, que creía tener derecho, entre otras, sobre la iglesia de Villarrín.

Posteriormente el Memorial histórico español refiere cómo el 18 de febrero de 1257 la reina doña Mencía López de Haro, casada con Sancho II (Capelo) rey de Portugal, vendió a Villarrín y su castillo (hoy los Palomares) en diez mil maravedíes alfonsíes a la condesa Dª Urraca, abadesa de Cañas en cambio de otros lugares que en arras le dio el rey portugués, su esposo, al celebrar sus esponsales con la citada doña Mencía.

En 1369, Enrique II de Castilla, conocido con el nombre del Conde de Trastamara, viendo que la ciudad de Zamora no reconocía sus derechos a la corona y que el rey de Portugal Fernando I intentaba arrebatarle dicha ciudad y las plazas fronterizas que estaban cerca del Duero, reunió un ejército en Villarrín, que sirviera de refuerzo a sus aliados de Zamora, logrando con ello que el Portugués retirara sus tropas y que la ciudad le reconociera sus derechos – esta lealtad de los moradores valió a Villarrín el título de Villa, que el rey le concedió.

Llanura recorrida por una  extensa red de humedales de aguas salinas (lagunas, lavajos, bodones o charcas que se conocen bajo el denominador común de lagunas esteparias): Laguna del Villardón, Laguna de las Salinas, Laguna de Barrilos, La Salina Grande, … El territorio cuenta con una gran diversidad de flora y fauna que atrae a las aves migratorias (más de 20.000 ánsares) sobre todo entre los meses de noviembre y febrero.

• Quintos: El primer domingo de febrero
• San Antón: El 17 de enero
• Las Águedas: En la primera semana de febrero (día de Santa Águeda)
• Romeria a la Virgen del Templo: El 8 de mayo
• San Isidro Labrador: El 15 de mayo
• La Asunción: El 1 de agosto
• San Roque: El 16 de agosto
• El Cristo:  Último domingo de septiembre
• Vendimia
• Día de Todos los Santos: 1 de noviembre
• Inmaculada Concepción: El 8 de diciembre